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Fue fundada a finales del siglo XII por Daisuke Nishina (Daisuke Togakure) Éste es el segundo Ryûha más antiguo de la Bujinkan Dôjô Budô Taijutsu. Este Ryûha es una de las tres escuelas de Ninjutsu especializada también en armas ocultas. Cuenta la historia que un monje llamado So-o practicó el ascetismo durante 3 años en una cueva, en el monte Hiei Zan, actual centro de Mikkyo del templo budista Enryaku-ji. En su retiro espiritual tuvo un sueño, a raíz del cual se decidió a crear la rama Shugendo del budismo Tendai, fundando su templo principal en la ciudad de Togakure (ahora llamada Togakushi ) dentro de la prefectura de Nagano (Gunma - Ken) Por aquella época nace Daisuke en el año 1165 en el pueblo de Shishu, cerca de la provincia de Azumino. A pesar de la resistencia en la dura batalla en el año 1180, fue testigo de la muerte del Shogun Yoshinaka y a su vez herido. Se vio forzado a huir a Iga hasta llegar al pueblo de Togakure. Allí conoce a Kain Doshi (conocido como Kagakure Doshi). Daisuke adoptó las enseñanzas de Kain Doshi sobre conocimientos del Shugendo (prácticas esotéricas de Budismo y Shintoismo). De esta manera se comienzan a crear los principios de Togakure Ryû. Togakure Ryû no tenía aún un fundador como otras escuelas más antiguas. Daisuke Nishima conoce a un guerrero que en el pasado había servido al ejército de Minamoto. Este Samurai era llamado Shima Kosanta Minamoto y fue a trabajar con Daisuke. Shima recibe las enseñanzas de Daisuke y con el tiempo es conocido como Daisuke Nishima II. Shima Kosanto Minamoto había participado en su adolescencia en los duros enfrentamientos de los Clanes Minamoto y Taira. Kagakure Doshi, un Ninja del Hakuun Ryû había encontrado a Shima Minamoto y juntos huyeron a Iga. Para poner más claridad en la historia, podemos agregar que Kagakure era también uno de los profesores de Daisuke Togakure. Kagakure había aprendido el Hakuun Ryû Ninjutsu, de un maestro llamado Hakûn Doji. Cabe destacar que la escuela Hakûn Ryû Ninjutsu había sido fundada por GaRyû Doji, pero terminado más adelante por Hakuun Doji, quien dio a posterior el nombre al Ryû. Siguiendo con la historia podemos ver que Goro Togakure se reconoce como la persona que formó oficialmente a Togakure en Ninjutsu. De las primeras 8 generaciones de maestros (Sôke), 5 tenían el nombre de Togakure, y como con la mayoría de las tradiciones Marciales pasó posiblemente de padre al hijo. Se dice que continuó de esta manera hasta el año 1600. Al finalizar el linaje de la familia Togakure, la principal ramificación del Clan Toda asumió el control del linaje. El 33 Sôke Takamatsu Toshitsugu, era miembro de la familia Toda. Su abuelo, Shinryûken Masamitsu Toda fue un instructor de Espadas para el Shogunato de Tokugawa a mediados del siglo XIX. Luego Shinryûken Masamitsu Toda pasó el linaje de Togakure Ryû a su nieto Takamatsu. Toshitsugu Takamatsu transmitió las tradiciones de Togakure Ryû a Masaaki Hatsumi Sensei, actual 34 Sôke.